20.04.2020
Comparison of nasopharyngeal and oropharyngeal swabs for SARS-CoV-2 detection in 353 patients received tests with both specimens simultaneously
Diagnostique InfectiologieTransversaleVirologie
Wang X et al
Int J Infect Dis
Résultats principaux
1) La proportion de résultats positifs pour les prélèvements naso pharyngiens et oropharyngés est respectivement de:
- 19.0% vs 7.6% patients totaux,
- 7.3% vs 6.3% patients (relevant d'une prise en charge ambulatoire,
- 32.9% vs 9.3% patients hospitalisés (on constate dans ce cas une forte disparité entre les résultats des deux tests).
2) La proportion combinée de tests positifs a été calculée en cas de positivité pour les échantillons naso pharyngiens et oropharyngés (les résultats sont légèrement plus élevés que ceux du seul prélèvement naso pharyngé):
- 21.5% patients totaux,
- 9.9% patients relevant d'une prise en charge ambulatoire,
- 35.4% patients hospitalisés.
3) Sur 27 tests positifs par échantillon oropharyngé, 18 échantillons naso pharyngiens étaient positifs (66,7%) mais sur 67 échantillons nasopharyngés positifs, 49 échantillons oropharyngés étaient négatifs (73,1%)
- 19.0% vs 7.6% patients totaux,
- 7.3% vs 6.3% patients (relevant d'une prise en charge ambulatoire,
- 32.9% vs 9.3% patients hospitalisés (on constate dans ce cas une forte disparité entre les résultats des deux tests).
2) La proportion combinée de tests positifs a été calculée en cas de positivité pour les échantillons naso pharyngiens et oropharyngés (les résultats sont légèrement plus élevés que ceux du seul prélèvement naso pharyngé):
- 21.5% patients totaux,
- 9.9% patients relevant d'une prise en charge ambulatoire,
- 35.4% patients hospitalisés.
3) Sur 27 tests positifs par échantillon oropharyngé, 18 échantillons naso pharyngiens étaient positifs (66,7%) mais sur 67 échantillons nasopharyngés positifs, 49 échantillons oropharyngés étaient négatifs (73,1%)
Que retenir ?
L'étude montre que 73,1% des cas d'échantillons nasopharyngés étaient négatifs pour l'échantillon oropharyngé.
Les prélèvements oropharyngés sont corrélés avec un nombre plus élevé de résultats faux négatifs et il est donc recommandé d'utiliser des prélèvements nasopharyngés pour diagnostiquer la présence du SRAS-CoV-2 par RT-PCR.
Ce résultat est particulièrement important pour évaluer la sortie d'hôpital des patients sur la base de deux résultats négatifs de RT-PCR sur des échantillons de voies aériennes à au moins un jour d'intervalle, comme le recommande l'OMS.
Les prélèvements oropharyngés sont corrélés avec un nombre plus élevé de résultats faux négatifs et il est donc recommandé d'utiliser des prélèvements nasopharyngés pour diagnostiquer la présence du SRAS-CoV-2 par RT-PCR.
Ce résultat est particulièrement important pour évaluer la sortie d'hôpital des patients sur la base de deux résultats négatifs de RT-PCR sur des échantillons de voies aériennes à au moins un jour d'intervalle, comme le recommande l'OMS.
Niveau de preuve Intermédiaire
1) étude observationnelle rétrospective bien menée
Objectifs
Comparer les performances des prélèvements nasopharyngés et oropharyngés pour le diagnostic du SRAS-CoV-2 par test RT-PCR.
Méthodes
Etude observationnelle rétrospective
Étude menée sur 353 patients répartis entre patients hospitalisés (n=161) et patients avec prise en charge ambulatoire (n=192) diagnostiqués SRAS-CoV-2 positif à l'hôpital de Tongji (Wuhan, Chine), du 16 février 2020 au 2 mars 2020.
L'étude a porté sur des patients pour lesquels un prélèvement nasopharyngé et oropharyngé avait été effectué au moment du diagnostic. La présence du SRAS-CoV-2 a été testée par RT-PCR et le test a été considéré comme positif pour valeur de Ct (cycle threshold)<40.
Étude menée sur 353 patients répartis entre patients hospitalisés (n=161) et patients avec prise en charge ambulatoire (n=192) diagnostiqués SRAS-CoV-2 positif à l'hôpital de Tongji (Wuhan, Chine), du 16 février 2020 au 2 mars 2020.
L'étude a porté sur des patients pour lesquels un prélèvement nasopharyngé et oropharyngé avait été effectué au moment du diagnostic. La présence du SRAS-CoV-2 a été testée par RT-PCR et le test a été considéré comme positif pour valeur de Ct (cycle threshold)<40.
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