22.07.2020

COVID-19 infectivity profile correction

Modélisation Infectiologie
Ashcroft P et al
Pre-prints

Résultats principaux

En corrigeant la méthode de He et al., les auteurs obtiennent, un profil d'infection assez différent, avec notamment le début de la période d'infection commençant 5 jours avant l'apparition des symptômes plutôt que 2.3 jours avant. Ils notent également une imprécision dans le calcul de la fonction de vraisemblance dans l’article original, mais qui n'a pas d'impact important sur l'estimation des paramètres.

Que retenir ?

Cet article réanalyse les données de He et al. (Nat. Med. 2020) sur le profil d'infectiosité d'un individu contaminé au COVID19. Cette nouvelle analyse montre que la période d'infectiosité pré-symptomatique pourrait être beaucoup plus longue qu'initialement estimé, jusqu'à 5-6 jours avant l'apparition des symptômes.

Niveau de preuve Indéterminé

Déterminer avec précision la durée de la période précédant l'apparition des symptômes durant laquelle un individu est contaminant est particulièrement important, notamment pour des applications de suivi des contacts.
Il semble nécessaire, au vu de ces données, d'augmenter de façon importante la longueur de l'historique des contacts d'un individu contaminé pour détecter de potentiels infectés.
Cependant, l'écart important entre l'estimation de He et al et celle de cet article se base sur l'ajout de deux points de données, qui pourraient être des outliers.
Il semble que le besoin identifié ici est de construire un nouveau jeu de données de durées inter-contamination, et de mesurer à nouveau le profil d'infection.

Objectifs

Le but de cette étude est de déterminer le profil d'infectiosité d'un individu, c'est-à-dire la distribution temporelle des infections qu'il génère, centrée autour du jour d'apparition des symptômes. Une première analyse de He et al. basée sur l'étude du temps nécessaire à l'apparition des symptômes pour 77 contaminations confirmées montrait que les individus contaminés par SARS-CoV-2 deviennent contagieux environ 2 jours et demi avant l'apparition des symptômes. Cet article reprend l'analyse initiale de ces mêmes données, et en corrigeant une erreur d'implémentation, les auteurs montrent que la période de contagion pré-symptomatique pourrait avoir été sous-estimée.

Méthodes

Pour déterminer le profil d'infection, les auteurs utilisent la distribution du temps d'incubation obtenue par Li et al. (NEJM 2020). La convolution du profil d'infectiosité et du temps d'incubation doit donner la distribution de l'écart entre le temps d'apparition des symptômes chez le contaminant et chez le contaminé. Les auteurs utilisent l'estimateur du maximum de vraisemblance pour inférer la distribution Gamma translatée approchant au mieux les données.
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