16.05.2020

Variation in False-Negative Rate of Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction–Based SARS-CoV-2 Tests by Time Since Exposure

Diagnostique InfectiologieVirologie
Kucirka LM et al
Ann Intern Med

Résultats principaux

Evolution du taux de faux négatifs de la RT-PCR pour recherche du SARS-CoV-2 :

  • 100% : à J1 du contact avec le SARS-CoV-2
  • 67% (IC 95% : 27% - 94%) à J4
  • à J5, jour moyen de début des symptômes, il est de 38% (IC 95% : 18% - 65%)
  • le minimum de 20% (IC 95% 12% - 30%) est atteint à J8 de l'infection soit J3 après le début des symptômes
  • puis il réaugmente, il est de 66% (54% - 77%) à J21

Probabilité post-test négatif de COVID-19 :

  • à J3, un test par RT-PCR négatif ne diminue la probabilité relative de COVID-19 que de 3% (IC 95% : 0% - 47%), par exemple d'une probabilité pré-test de 11,2% chez des contacts d'un même foyer, on passerait à une probabilité post-test de 10,9% si un test était réalisé à J3 de l'exposition.
  • le jour du début des symptômes, soit à une médiane de 5 jours après le début de l'infection, la probabilité de COVID-19 serait alors reduite de 60% en cas de test négatif (IC 95% : 33% - 80%).

Les analyses de sensibilité montrent une robustesse des résultats.

Que retenir ?

L'utilisation d'un résultat négatif de la RT-PCR pour écarter le diagnostic de COVID-19 est délicate. En début d'infection particulièrement, une suspicion clinique forte et des critères épidémiologiques sont à considérer prioritairement car la RT-PCR présente un taux très élevé de faux négatifs. Le moment idéal pour minimiser le risque de faux négatif de la RT-PCR semble être 3 jours après le début des symptômes / 8 jours après l'exposition, mais il reste de 21%.

Niveau de preuve Faible

- étude rétrospective (-)
- inclusion de deux pre-print (-)
- taux de faux-négatifs imprécis en raison de l'hétérogénéité de design des études sources (-)
- analyses de sensibilités en faveur d'une robustesse des résultats (+)
- probable sous-estimation du taux de faux-négatifs puisque les patients COVID-19 n'ayant eu aucun test positif ne sont pas considérés (-)

Objectifs

Estimer le taux de faux négatifs de la RT-PCR vis-à-vis du SARS-CoV-2 par jour depuis le début de l'infection.

Méthodes

Revue de la littérature et analyse des données rétrospectives regroupées.

Revue menée sur PubMed, bioRxiv et medRxiv jusqu'au 15/04/2020. Selection des études :
- avec données sur les performances de la RT-PCR à la recherche du SARS-CoV-2 en fonction du temps (depuis l'exposition ou depuis le début des symptômes).
- utilisant des échantillons des voies aériennes supérieures.

Inclusion de 7 études : 2 pre-prints et 5 articles revus par les pairs permettant de comptabiliser 1330 tests par RT-PCR.

Définition des cas :
- pour la plupart des études : au moins un test par RT-PCR positif
- pour deux études : quelques cas non confirmés par test mais sur des critères cliniques avec souvent des IgG ou IgM anti-SARS-CoV-2 positifs.

Analyses statistiques : construction d'un modèle de régression logistique hiérarchique bayésien avec postulat (basé sur des études précédentes) que le début de l'infection était survenu 5 jours avant le début de symptômes. Calcul, pour chaque jour après l'infection, du taux attendu de faux-négatifs et la probabilité post-test d'infection. La spécificité a été considérée de 100% d'après la littérature.
Analyses de sensibilité :
- exclusion de chaque étude, tout à tour
- répétition des analyses avec une spécificité inférieure de 90%
- répétition des analyses avec variation du temps d'incubation entre 3 et 7 jours

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