30.06.2020

Differences of SARS-CoV-2 Shedding Duration in Sputum and Nasopharyngeal Swab Specimens Among Adult Inpatients With COVID-19

Diagnostic InfectiologyVirology
Wang K et al
Chest
This article is currently being translated into English, in the meantime you will find below its French version.

Main result

Etude menée sur 68 patients hospitalisés (dans les services de soins intensifs et sous-intensifs): 36 (52.9%) hommes et 32 (47.1%) femmes, âge moyen 67 ans (IQR: 57-72), 39 (57.4%) patients présentant une comorbidité (17.6% maladie pulmonaire chronique, 17.6% diabète de type II et 13.2% maladies cardiaques).

A l'admission : 43 (63.2%) patients avec un échantillon nasopharyngé positif et 25 (36.8%) avec une expectoration positive. 

Pendant l'hospitalisation : 49 (72.1%) patients avec échantillon nasopharyngé positif, 14 (20.6%) patients avec échantillon nasopharyngé négatif mais expectoration positive et 5 (7.4%) patients dont l'expectoration était positive à l'admission mais les deux tests étaient négatifs pendant l'hospitalisation.

9 des 16 patients positifs pour les deux tests à l'admission étaient toujours positifs sur l'expectoration après être devenus négatifs sur l'échantillon nasopharyngé.

La durée moyenne de la période d'excrétion virale était de 19 jours (IQR: 14-25, p<0.001) pour le prélèvement nasopharyngé, de 34 jours (IQR: 24-40, p<0.001) pour l'expectoration et de 21 (IQR: 16-31) jours pour les deux méthodes confondues. 

Parmi les facteurs de risque considérés, les maladies pulmonaires chroniques et la corticothérapie étaient statistiquement corrélés avec la positivité du prélèvement nasopharyngé et le diabète de type II avec la positivité de l'expectoration.

Les analyses stratifiées sur l'âge ont montré qu'un âge ≥ 65 ans était un facteur de risque d'excrétion prolongée (HR 1.71; IC 95%: 1.12-2.93, p<0.01).

Takeaways

La durée moyenne de d'excrétion virale est de 21 jours en considérant les deux méthodes de prélèvement, mais la durée d'excrétion est significativement plus longue dans les expectorations (34 jours; IQR: 24-40, p<0.001).

Il est important de noter que 9 des 16 patients qui étaient testés positifs pour les deux tests à l'admission avaient toujours des expectorations positives après négativation du prélèvement nasopharyngé.

Parmi les comorbidités étudiées, la maladie pulmonaire chronique et la corticothérapie étaient associées à la positivité des échantillons nasopharyngés et le diabète de type II était associé à la positivité des deux méthodes.

L'étude a également montré que l'âge ≥ 65 ans était un facteur de risque d'excrétion prolongée (HR 1.71; IC 95%: 1.12-2.93, p<0.01).

Strength of evidence Weak

Faible:
- article pre-proof
- petit échantillon (n= 68 patients)
- méthodologie : possible différence inter-individuelle entre les exécuteurs des prélèvements, absence de détection d'anticorps IgG et IgM sur le sérum, méthodes d'analyse différentes des deux types d'échantillon.

Objectives

Déterminer la durée d'excrétion du SRAS-CoV-2 dans les voies aériennes supérieures et inférieures ainsi que les facteurs de risque qui y sont associés.

Method

Étude de cohorte prospective multicentrique chinoise.

68 patients COVID-19 inclus entre le 10 février et le 20 mars 2020 à l'hôpital Wuhan Taikang Tongji et à l'hôpital Huoshenshan (Chine).

Des échantillons nasopharyngés et d'expectorations ont été prélevés tous les 1 à 2 jours pour tous les patients jusqu'à l'obtention de deux tests négatifs consécutifs (échantillon nasopharyngé évalué par RT-PCR et échantillon d'expectorations évalué par récherche des anticorps IgM et IgG contre le SRAS-CoV-2).

La durée entre l'apparition des symptômes et la négativité des deux tests consécutifs a été considérée comme la période d'excrétion virale. Plusieurs facteurs de risque potentiels d'excrétion virale prolongée ont été évalués : le sexe, l'âge, les comorbidités, le nombre de lymphocytes et la corticothérapie.

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