27.06.2020

Estimating Household Transmission of SARS-CoV-2.

Modeling Infectiology
Curmei M et al
Pre-prints
This article is currently being translated into English, in the meantime you will find below its French version.

Main result

Le premier type de données fournit des estimées de SAR et R_h tournant respectivement autour de 0.2 et 0.45 (mais assez différentes selon les 8 articles)
Le deuxième type de données (Singapour) fournit une estimée de R_h autour de 0.25
Le troisième type de données (Vo)  fournit une estimée de CRI et de R_h tournant respectivement autour de 0.5 et 0.37.

Takeaways

Le but de l'article est d'estimer la part R_h de R_0 due aux transmissions intra-foyer, c’est-à-dire R_h = nb d'infections secondaires causées par un cas index à l'intérieur de son foyer. L'estimation tourne autour de 0.4, indiquant une fraction R_h/R_0 des transmissions dues aux transmissions intra-foyer faible (10-15%) en l'absence de confinement, mais très importante (50%) en situation de confinement.

Strength of evidence Undetermined

Joli papier bien rédigé, estimations avec intervalles de confiance, mais manque un peu de background théorique reliant les 3 mesures (on pourrait imaginer un modèle avec des transmissions intra-foyer et des infections venues de l'extérieur, qui permettrait de relier CRI et SAR). Discussion intéressante sur (la réfutation de) deux théories prétendant que le problème de la transmission intra-foyer n'a pas d'intérêt épidémiologique :
- inevitability : on ne peut restreindre la transmission intra-foyer
- containment : les personnes contaminées au sein de leur foyer ne participent pas à l'épidémie à l'extérieur du foyer.

Objectives

Le but de l'étude est d'utiliser des données empiriques (contact tracing, blanket testing...) pour estimer R_h, en prenant en compte le fait que le nombre de personnes infectées est sous-estimé du fait de la mauvaise sensibilité de tests de sérologie (paramétrée par le false negative rate FNR) et de la présence d'asymptomatiques (paramétré par asymptomatic rate AR).

Method

Deux autres mesures que R_h sont proposées :
- SAR = household secondary attack rate = probabilité qu'un cas index i infecte une personne donnée j du même foyer.
- CRI = household conditional risk of infection = probabilité que j soit infecté sachant que i l'a été.

3 types de données empiriques :
- 8 papiers calculant SAR  : les auteurs de l'article utilisent ces données qu'ils corrigent pour FNR et AR
- Données de contact tracing de Singapour utilisées pour estimer R_h
- Données du 'blanket testing' de Vo en Italie utilisées pour estimer CRI

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