24.06.2020

Posterior Oropharyngeal Saliva for the Detection of SARS-CoV-2

Diagnostic InfectiologyVirology
Cheuk S et al
Clin Infect Dis
This article is currently being translated into English, in the meantime you will find below its French version.

Main result

Inclusion de 229 paires de prélèvements salivaires oropharyngés postérieurs - nasopharyngés issues de 95 patients dont 57 avec COVID-19 confirmée. L'âge médian des patients était de 36 ans et 57% sont des hommes.
La durée médiane séparant les deux prélèvements est de 42 minutes (de 0 minutes à 21h).
70% des prélèvements nasopharyngés avaient été réalisés par écouvillonnage.

Taux de positivité des prélèvements dans ces 229 paires:

  • prélèvement salivaire oropharyngé postérieur : 61,6% (IC 95% : 55,1% - 67,6%)
  • prélèvement nasopharyngé : 53,3% (IC 95% : 46,8% - 59,6%)

Pourcentage de concordance positive entre les deux types de prélèvements : 85,2% (IC 95% : 77,4% - 90,8%)
Pourcentage de concordance négative entre les deux types de prélèvements : 65,4% (IC 95% : 55,5% - 74,2%)
Pourcentage de concordance globale : 76,0% (IC 95% : 70,2% - 80,9%), coefficient kappa de Cohen traduisant un accord modéré entre les résultats des deux types de prélèvement : 0,512 (IC 95% : 0,401 - 0,623)

Parmi les paires positives, la différence de capacité de processus (Cp) entre les deux types de prélèvement est en faveur des prélèvements nasopharyngés.
Parmi les patients symptomatiques avec COVID-19 confirmée (44 sujets et 161 paires de prélèvements), le pourcentage de concordance positif entre les deux types de prélèvement est meilleur lorsque le prélèvement est réalisé dans les 7 jours suivant le début des symptômes.
Parmi les paires discordantes, les prélèvements salivaires oropharyngés postérieurs menaient plus fréquemment à la détection du SARS-CoV-2.

Takeaways

La présente étude ne permet de pas d'encourager la réalisation de prélèvements de salive oropharyngée postérieure pour le diagnostic d'infection par le SARS-CoV-2, des études supplémentaires de meilleur niveau de preuve sont nécessaires.

Strength of evidence Weak

- recueil rétrospectif des données
- inclusion de patients suspectés mais non confirmés de COVID-19
- consignes de prélèvement salivaire oropharyngé postérieur respectées pour seulement 56% des prélèvements
- trop faible effectif des prélèvements chez des enfants pour analyser les performances du prélèvement de salive oropharyngée postérieure en pédiatrie
- hétérogénéité des types de prélèvements nasopharyngés ne permettant pas d'exclure l'existence de meilleurs résultats pour une méthode particulière
- ajout de milieu de transport viral non systématique dans les prélèvements salivaires oropharyngés postérieurs
- absence de définition claire de la capacité de processus (Cp)

Objectives

Etudier les performances de la RT-PCR sur échantillon de salive oropharyngée postérieure pour le diagnostic de la COVID-19 dans une situation de terrain.

Method

Etude rétrospective comparative menée dans la ville de Hong Kong sur des échantillons de patients suspectés ou confirmés COVID-19 prélevés entre le 1er février 2020 et le 15 avril 2020.

Comparaison des résultats entre un couple de prélèvements oropharyngé-nasopharyngé réalisés le même jour, chez un même patient :

  • salivaire oropharyngé postérieur : prélèvement selon des instructions standardisées données aux patients leur précisant de se racler la gorge dans un contenant stérile le plus tôt possible après le lever et avant de manger, boire ou se brosser les dents.
  • nasopharyngé après mouchage par écouvillonnage ou aspiration par un soignant puis ajout de 1 millilitre de milieu de transport viral.

Si les deux prélèvements étaient réalisés chez un même patient, le prélèvement salivaire oropharyngé postérieur était toujours recueilli avant le prélèvement nasopharyné.
Les échantillons devaient être traités par le laboratoire de biologie dans les 24h suivant le prélèvement.

Analyse de la performance diagnostique, de l'accord entre prélèvements et de la variation temporelle de la discordance des résultats. Performance rapportée au pourcentage d'accord entre les méthodes en l'absence d'un gold-standard établi pour le diagnostic de l'infection par le SARS-CoV-2.

Le nombre de prélèvements nécessaires pour l'étude a été calculé de manière à pouvoir mettre en évidence une différence entre un coefficient de kappa réel de 0.5 et un coefficient de kappa de 0.7 avec un risque alpha fixé à 0,05 et une puissance fixée à 0,80 sous l'hypothèse de taux de positivité de 0,5 et 0,6 pour les prélèvements oropharyngés et nasopharyngés respectivement. 109 paires de prélèvements oropharyngé-nasopharyngé étaient à inclure.

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